Enteral beslenmeyle ilgili yaşamı tehdit edebilen birkaç komplikasyon bulunmasına rağmen, bunların gelişimi medikal tedavinin sonucu olabilmektedir. Sık görülenlerin tümü enteral nütrisyona hak ettiği özenin gösterilmemesinden dolayıdır. Tüple beslenmenin en sık komplikasyonu diyaredir. Bunun oluşumundaki faktörler (ilaçlar, bakteriyel endotoksinler..) çoğunlukla tüple ilişkili değildir. Gastrointestinal komplikasyonlar hastanın klinik durumuna daha uygun formülün seçilmesi veya beslenme tablosu/hızının değiştirilmesiyle düzeltilir. Mekanik problemler enteral beslenmeye uygun nazoenterik tüpün seçilip kullanılmasıyla ve rutin olarak tüpün içinin yıkanmasıyla kolayca kaçınılabilir konuma gelmektedir. Metabolik parametreler de sıkı olarak monitörize edilmelidir. Nütrisyonel tedavinin ilk birkaç haftasında metabolik komplikasyon için hastalarda en büyük risk vardır.